Malgré les fouilles réalisées au XIXe s. dans l'abbatiale et ses abords, ainsi que l'intervention de 1994, l'état de conservation de l'abbaye de Bourbourg peut être qualifié d'exceptionnel : la stratigraphie excède un mètre ; l'ensemble complexe de bâtiments abbatiaux est protégé par un épandage de matériaux. Enfin, le cimetière, bien que perturbé est bien conservé. Les sondages montrent que l'abbaye s'implante, au début du XIIe s., sur des niveaux de marais. Deux états ont principalement été reconnus : l'état du bas Moyen Âge et les niveaux de démolition/récupération du milieu du XVIe s. Une étude sur les carreaux de pavement médiévaux a été réalisée.