La fouille a permis de mettre en évidence quelques vestiges appartenant à la période médiévale. Les niveaux antiques observés dans les sondages profonds du diagnostic n'ont pas été atteints durant la fouille. La période médiévale est caractérisée par la présence de vestiges datés par la céramique des XIVe et XVIe siècle. Les niveaux datés du XIVe siècle témoignent de la présence d'un habitat domestique caractérisé par la présence de tranchées de récupération et d'un sol qui définissent une pièce. Cet habitat est installé le long d'une voirie empierrée, parallèle à l'axe de l'actuelle rue Saint-Jean. La lecture des plans anciens nous apprend qu'une rue située globalement à l'emplacement de la rue Saint-Jean traversait la ville du nord au sud à l'époque médiévale. Les vestiges de voirie observés durant l'opération peuvent correspondre à l'état ancien de la rue Saint-Jean. Les niveaux du XVIe siècle correspondent au dernier état de la ville avant sa destruction par les troupes de Charles Quint en 1553. Sur le site, ces vestiges correspondent principalement à des tranchées de récupération et sans doute à quelques lambeaux de maçonneries. Les murs et les tranchées de récupération contemporains de cette période sont orientés de façon perpendiculaire à l'axe de la voirie médiévale. Un espace pavé a également été observé. Ce sol aménagé peut correspondre à une petite place au carrefour de plusieurs ruelles ou à une ou plusieurs venelles distribuant l'arrière des parcelles. Tous les vestiges observés à la fouille sont scellés par des remblais de démolition. La datation de ces niveaux, bien qu'imprécise, situe l'abandon et le nivellement de ce secteur de la ville au début de l'époque moderne, après la destruction de celle-ci dans le milieu du XVIe siècle.